Hay una actividad en la que José Joaquín Agulló destacó de modo especial. En agosto del año 1864 estuvo representando a España, junto con Nicasio Landa, en el grupo promotor de la fundación de la Cruz Roja Española.

Se ha escrito que en España nació Cruz Roja gracias al mecenazgo de este valenciano.  En todo caso, veintiséis personas, procedentes de 16 países, se comprometieron en a seguir los pasos de Henry Dunant, el creador de la institución, que en 1859 se lanzó a curar heridos, sin mirar uniformes, entre las 40.000 víctimas que sufrían en el campo las terribles secuelas de la batalla de Solferino.

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Agulló, que estuvo en Ginebra aquellos días fundaciones de agosto de 1864, aplicó en España las convenciones pactadas y creó la Cruz Roja Española.

De la actividad pública de José Joaquín Agulló destaca que en 1860 viajó a Inglaterra para asistir como representante oficial de España en las reuniones del Instituto Internacional de Estadística celebrado en Londres.

Activo en la política en el partido de los moderados de O’Donnell, contribuyó a la prosperidad de aquellos Gobiernos con un breve paso por el Ministerio de Agricultura, en el año 1865. Fue senador vitalicio en 1864-1865.